این قانون از موضوعاتی است که به دلیل پیچیدگی مکانیزم‎های اجرایی آن، از همان ابتدا محل مناقشه تولیدکنندگان، واردکنندگان و فروشندگان بوده است و با وجودی که 9 سال از اجرای آن می‎گذرد، نه دولت به اهداف اجرای آن که کسب درآمد و ایجاد شفافیت در فرآیندهای اقتصادی بوده، دست یافته و نه پرداخت کنندگان مالیات که فعالان اقتصادی هستند، از این نوع مالیات ستانی رضایت دارند.

صنف فناوری اطلاعات و ارتباطات نیز از جمله صنوفی است که از سال 90 مشمول پرداخت مالیات بر ارزش افزوده شدند و این موضوع چالش‎های زیادی برای واردکنندگان قانونی و همچنین فروشندگان کالاهای رایانه‎ای ایجاد کرد.

برخی فروشندگان صنف رایانه کماکان بر این باورند که شامل بند "ج" بوده و موظف به اجرای قانون نیستند و مالیات ارزش افزوده و ماده 169 مکرر شامل آنها نمی‎شود؛ این در حالیست که بند"ج" کاملا منسوخ شده و فروشندگان موظفند از واردکنندگان و تامین کنندگان کالا فاکتور رسمی دریافت کنند و هنگام فروش نیز فاکتور رسمی صادر کنند. اما متاسفانه به دلیل شفاف نبودن محاسبه ضرایب مالیاتی و نرخ بالای مالیات بر ارزش افزوده، فروشندگان کالاهای IT از گرفتن فاکتور رسمی از شرکت‎ها امتناع می‎کنند  و این موضوع شرکت‎های واردکننده را  به طور جدی دچار مشکل کرده است.

احسان بیات عضو هیات مدیره سازمان نظام صنفی رایانه‎ای تهران در این خصوص گفت: چالشی که اکنون صنف رایانه در مورد مالیات بر ارزش افزوده با آن مواجه هستند، این است که شرکت‎های واردکننده قانونی کالا 9 درصد مالیات بر ارزش افزوده را پرداخت می‎کنند، اما فروشگاه‎ها به دلیل ترس از  محاسبه مالیات بر ارزش افزوده فاکتور رسمی از شرکت‎ها دریافت نمی‎کنند.

وی افزود: یکی از دلایل نبود شفافیت در محاسبه مالیاتی، توافق بر اساس مالیات سال‎های گذشته و نداشتن دفتر حسابرسی است.

 عضو هیات مدیره سازمان نظام صنفی رایانه‎ای تهران با بیان اینکه محاسبه نادرست ضرایب مالیاتی باعث شده تا فروشگاه ها سود واقعی خود را کتمان کنند، گفت: سود واحدهای صنفی رایانه بسیار پایین است و می توان به جرات گفت که گاهی به کمتر از یک درصد می‎رسد. اما سازمان امور مالیاتی بدون توجه به این موضوع ضرایب مالیاتی را تعیین می‎کند. احسان بیات افزود: قطعا اگر سود 2 درصدی محاسبه شود، حساب و کتاب فروشگاه ها نیز شفاف می‎شود و دیگر نگران پرداخت مالیات بر ارزش افزوده نخواهند بود.

به گفته او اکنون بسیاری از کالاهای IT در پاساژهای کامپیوتری که بورس هستند با هزار تومان سود به فروش می‎رسند. مثلا یک هارد را  250 هزار تومان می‎خرند و 251 هزار تومان می فروشند. اما سازمان امور مالیاتی سود 6 و 9 درصدی را برای فروشگاه ها لحاظ می‎کند و باعث می‎شود که آنها سود واقعی خود را به طور شفاف اعلام نکرده و از دریافت فاکتور رسمی اجتناب می‎کنند. 

بیات با تاکید بر اینکه صنف می‎خواهد حق واقعی دولت را پرداخت کند، گفت: اصلا هدف فروشگاه‎های رایانه فرار مالیاتی و پرداخت نکردن مالیات بر ارزش افزوده نیست، بلکه می‎خواهند رقمی که پرداخت می‎کنند، درست و واقعی باشد.

احسان بیات همچنین در مورد پیگری تشکل‎های صنف فناوری اطلاعات و ارتباطات برای حل مشکلات مالیاتی صنف رایانه گفت: از سوی اتحادیه صنف فناوران رایانه تهران جلسات زیادی با رییس سازمان امورمالیاتی برگزار شد که وعده دادند در تعامل با صنف، مشکلات محاسبه ضرایب مالیاتی را حل خواهند کرد. 

وی افزود: در دور جدید فعالیت هیات مدیره سازمان نظام صنفی رایانه ای تهران نیز تلاش می‎کنیم تا این موضوعات به طور جدی پیگری شود. بیات اضافه کرد: در مجموع باید دو هدف عمده را دنبال کنیم. نخست اینکه در تعامل با سازمان امور مالیاتی سعی کنیم که سود واقعی فروشگا ه‎ها را نشان دهیم تا ضرایب مالیاتی بر اساس آن مشخص شود. دوم اینکه فروشندگان را نیز آگاه کنیم تا فاکتور رسمی دریافت کنند و حساب و کتابی شفاف داشته باشند.

وی تصریح کرد: در این خصوص نصب صندوق‎های مکانیزه فروش خیلی می‎تواند به شفافیت فعالیت فروشگاه های رایانه ای کمک کند. زیرا دولت می ‎خواهد به سمت شفافیت برود و در این راستا فعالیت گمرکات کشور تغییر کرده است. آنچه مسلم است تا سال 97 تمام روند واردات کالا گرفته تا فروش آن شفاف خواهد شد. اکنون تولیدکنندگان در بازار به دنبال رسیدن به سود در حد 2 یا سه درصد هستند گفت: پرداخت هزینه مالیات بر ارزش افزوده، تفاوت هزینه ها را تا 9 درصد می رساند و این به شدت به ضرر تولیدکننده ای است که این هزینه را پرداخت کرده است.